Фамилия Гуганьян — яркий пример армянской модели фамилии, которая по-русски почти всегда заканчивается на -ян. Суффикс -ян (раньше -янц) в армянском языке указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка: буквально «из рода такого-то» или «сын такого-то». Гуганьян — это «из рода Гугана».

Основа фамилии — мужское личное имя или прозвище Гуган. В армянском ономастиконе есть несколько возможных объяснений этого корня. Самое вероятное: Гуган — это вариант имени Геворг (Георгий), распространённый в диалектах. Переход «в» в «г» и усечение конца — обычное явление в живой речи. Если так, то фамилия Гуганьян означает то же, что и русская Георгиев или Георгадзе, — потомок Георгия.

Есть и другая версия, менее популярная, но лингвистически возможная. В армянском языке слово «гуг» или «гуган» в некоторых диалектах связывали с голубем (ср. «агавни» в литературном языке). Прозвище «Голубь» могло закрепиться за мирным или кротким человеком, а затем перейти в фамилию. Однако версия с именем Георгий надёжнее: имена-основы дают подавляющее большинство армянских фамилий этой модели.

Фамилия Гуганьян не относится к самым массовым, как, например, Арутюнян или Григорян, но и не является редкой. Она характерна для носителей из разных регионов исторической Армении, в том числе из Западной Армении (территории современной Турции), откуда после геноцида 1915 года многие армяне переселились на Кавказ, в Россию и дальше. В современной России Гуганьян встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, Москве — в местах компактного проживания армянских общин.

Что интересно: написание фамилии устойчиво — через «а» после «г» и с мягким знаком перед «ян». Встречающиеся иногда варианты Гуганян (без мягкого знака) — это скорее опечатки, так как исходное имя Гуган содержит этот звук. Фамилия сохранила архаичную черту: суффикс -ян здесь присоединён к полной форме имени, без дополнительных уменьшительных суффиксов, что говорит о её относительно раннем закреплении, когда фамилии только начинали формироваться у армян (в основном в XIX веке).