Фамилия Гуганов образована от прозвища Гуган. Оно восходит к глаголу "гугаться", который означает "качаться на качелях" ("гугали" - "веревочные качели"). Можно предположить, что так могли прозвать либо того, кто делал такие качели, либо любил качаться на них. Согласно другой версии, прозвище может быть образовано от украинского глагола "гугнити". На русский язык он переводится как "гнусавить, звучать неясно, монотонно". В этом случае, прозвище Гуган мог получить человек, который говорил невнятно или монотонно. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гуган, со временем получил фамилию Гуганов.