Фамилия Гугачев — одна из тех, где корень не лежит на поверхности, а суффикс даёт ключ к разгадке. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ев присоединён к основе, оканчивающейся на мягкий согласный. Это значит, что в основе лежало некое прозвище или имя Гугач.

Самая вероятная версия связывает Гугача с тюркским словом «кугач» или «гугач» — так в некоторых тюркских языках называли лебедя. В русских говорах, особенно в южных и в Поволжье, слово могло трансформироваться под влиянием местного произношения. Лебедь в народной культуре — птица видная, даже царственная, и прозвище Гугач могли дать человеку статному, с белой кожей или светлыми волосами, либо же тому, кто выделялся плавной, величавой походкой. Такие прозвища по птицам — дело обычное: вспомним Гусева, Соколова, Лебедева. Гугачев встаёт в этот же ряд, хоть и с более редким корнем.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем Гуга, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Гурий (в просторечии — Гурка, Гура). В таком случае Гугач — это производное от Гуги, а фамилия образована по той же модели, что и Гурин, но с другим суффиксальным оформлением. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, поскольку корень «гуг-» встречается в фамилиях именно в тех регионах, где русские долго и плотно соседствовали с тюркскими народами: в Заволжье, на Урале, в Сибири.

Географически фамилия Гугачев не слишком распространена, но встречается в южных областях России и в Поволжье — в Волгоградской, Астраханской, Ростовской областях, а также у казаков. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих местах шёл активный языковой и культурный обмен.

Социальный состав носителей — преимущественно крестьяне и казаки. Фамилия не дворянская, не искусственная, не семинарская. Она родилась в живой речи как прозвище, а потом закрепилась в документах. Никакой путаницы с другими фамилиями здесь нет: Гугачев стоит особняком от Гагарина (от слова «гагара») и от Гугуева (от имени Гугей). Это самостоятельная, довольно редкая фамилия с ясной, хоть и не очевидной на первый взгляд, этимологией.