Фамилия Гугаевы — один из тех случаев, когда география бытования подсказывает ответ быстрее, чем разбор корня. Основной ареал фамилии — Северный Кавказ, прежде всего Осетия. Поэтому первое, что приходит в голову, — осетинское происхождение. В осетинском языке основа «Гуга» — это мужское личное имя, которое могло быть как полным, так и сокращённой формой от более длинных имён (например, от Гугуц, Гугаз). Суффикс «-ев» в данном случае — не русский патронимический, а стандартный способ русификации осетинских фамилий при записи в российских документах XIX века. По сути, Гугаевы — это «дети Гуги», потомки человека по имени Гуга.

Менее вероятная, но возможная версия отсылает к тюркским языкам. В некоторых из них «гуга» или «кюкя» могло означать «кукушка» или, в переносном смысле, «одинокий, тоскующий человек». Однако для осетинского ареала такая этимология выглядит натяжкой: прозвища от названий птиц в осетинской антропонимии встречаются, но имя Гуга в значении «кукушка» не зафиксировано как типичное.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа (Гуга) + русский фамильный суффикс -ев. Важно, что суффикс именно -ев, а не -ов, что указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «а» (в осетинском произношении конечный гласный мог редуцироваться, но на письме остался). Фамилия закрепилась в форме множественного числа (Гугаевы), что типично для русской документальной традиции при обозначении целого рода.

Сословная принадлежность предков Гугаевых не определяется однозначно. В Осетии фамилии носили и горские крестьяне, и воины, и представители знатных фамилий. Конкретных данных о том, были ли Гугаевы среди осетинской аристократии (алдаров, баделят), нет, но сама фамилия распространена достаточно широко, чтобы говорить о её древности и укоренённости в регионе. Скорее всего, предки современных носителей жили в горных селениях и занимались скотоводством или земледелием, а фамилия просто закрепилась за их потомками как родовой знак.