Фамилия Гаганов образована от прозвища Гаган. В старину так называли надутого, важного человека. Однако само слово «гаган» в русском языке — загадка: его происхождение достоверно не установлено, и здесь возможны два совершенно разных корня.

Первая версия связывает прозвище с титулом «каган». Так в раннем Средневековье называли верховных правителей кочевых империй — от Тюркского каганата до Хазарии. Если учесть, что в русских говорах начальное «к» иногда переходило в «г» (как в слове «галита» вместо «калита»), то «гаган» могло быть народным переосмыслением грозного титула, который в быту закрепился за человеком с претензией на власть или важность.

Вторая версия выводит прозвище из древнееврейского kohen — «священник». На южных и западных территориях, где были расселены еврейские общины, это слово могло попасть в обиход, а затем и в прозвища. Фонетически «коэн» → «гаган» тоже объяснимо, но эта гипотеза слабее: она предполагает нехарактерный для русской ономастики путь заимствования без очевидных параллелей.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Гаганов буквально означает «сын Гагана» или «потомок того, кого звали Гаганом». Такая патронимическая модель — самая массовая в русских фамилиях, и в ней нет ничего редкого.

Интереснее другое: фамилия Гаганов встречается в основном на севере и северо-востоке европейской части России — в Архангельской, Вологодской, Кировской областях. Это не случайно: именно в тех краях диалектное слово «гаганить» означало «громко кричать, шуметь, перечить», а «гаган» могло быть прозвищем крикливого или вздорного человека. Вероятно, именно эта бытовая, а не титульная основа и была самой распространённой в народной среде.