Фамилия Гаган имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Каган. Скорее всего, оно является фонетическим вариантом от «каган». Возможно также, что прозвище Гаган связано с древнееврейским религиозным понятием, названием священнослужителя — kohen, т.е. Согласно еще одной гипотезе, фамилия Гаган восходит к санскритскому слову «гаган» - «небо».