Фамилия Гунеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой же фамилии Гунеев послужило не вошедшее в святцы имя Гуний. Гуней – фонетический вариант древнееврейского имени Гуний, котрое восходит к основе «гуни» - «расписанный, раскрашенный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Гуней, со временем получил фамилию Гунеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Гунеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Гунеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.