Фамилия Гунеев образована от имени или прозвища Гуней, которое, в свою очередь, является фонетическим вариантом неканонического имени Гуний. Это имя не вошло в православные святцы, что не редкость для древнерусских именований: многие из них имели хождение в быту, но не признавались церковью.

Корень имени восходит к древнееврейской основе «гуни», что означает «расписанный, раскрашенный». В какой-то степени это может указывать на внешность предка — возможно, человека с яркими чертами лица, родимым пятном или татуировкой. Впрочем, в славянской среде такое прозвище могло иметь и переносный смысл, например, относиться к человеку с пёстрой, непостоянной натурой.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или й. В данном случае — от формы Гуней. Формально это патроним, то есть «сын Гунея». Со временем фамилия закрепилась за потомками и перестала зависеть от имени непосредственного носителя.

Стоит обратить внимание, что фамилия Гунеев — редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов или купеческих гильдий, что говорит о её происхождении из крестьянской или мещанской среды. Географически она может быть связана с регионами, где были сильны староверческие общины: те нередко сохраняли дохристианские или неканонические имена в быту.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные соответствия: Гунин, Гуняев. Они образованы от тех же основ, но с разными суффиксами. Разница в окончании (-ин вместо -ев) указывает на то, что основа имени могла звучать как Гуня. Таким образом, Гунеев — не просто вариация, а самостоятельная ветвь одного родового гнезда.