Фамилия Гуненковы — это классическое русское отчество второго порядка, которое образовалось от прозвища родоначальника. Чтобы понять её суть, нужно разобрать цепочку превращений: в основе лежит прозвище Гуня. От него образовали патроним (отчество) Гуненко, что значит «сын Гуни». А уже от этой формы с помощью стандартного русского суффикса -ов появилась фамилия Гуненков, то есть «внук Гуни» или «сын Гуненко». Такая модель с промежуточным звеном на -енко типична для восточно-украинских и белорусских земель, откуда предки Гуненковых, скорее всего, и происходили.

Само прозвище Гуня, по самой распространённой версии, восходит к слову «гуня» — так в старину называли ветхую, изношенную одежду, лохмотья. В словаре Даля это слово зафиксировано именно с таким значением. Следовательно, прозвище могли дать человеку, который ходил в обносках, либо тому, кто шил или чинил такую одежду — то есть бедняку или ветошнику. Это прямая характеристика материального положения или рода занятий.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с прилагательным «гунявый» (лысый, плешивый). В некоторых говорах «гуней» называли человека с облысением. Эта гипотеза слабее, потому что слово «гуня» в значении «одежда» было шире распространено и давало более естественное прозвище, чем редкий диалектный признак внешности.

Фамилия Гуненков — не единичный случай. В русском языке есть целое гнездо однокоренных фамилий: Гунин, Гунькин, Гуненко. Все они восходят к той же основе Гуня. Разница лишь в суффиксе, который указывает на регион или время оформления фамилии. Например, Гуненко — это исходная украинская форма, а Гуненков — её русифицированный вариант, который могли получить переселенцы с Украины или Белоруссии, осевшие в центральных губерниях России.

Точное место и время возникновения фамилии Гуненковы установить сложно — процесс закрепления фамилий у крестьян и мещан шёл несколько столетий и завершился лишь к концу XIX века. Однако сама словообразовательная модель и географическая привязка суффикса -енко позволяют уверенно говорить о юго-западных корнях рода.