Фамилия Гуненков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Гуня восходит к слову «гуня»: так в старину называлась ветхая худая одежда, лохмотья. Таким образом, можно предположить, что прозвище Гуня указывало на материальное положение или особенности поведения предка Гуненковых. Менее вероятна связь фамилии Гуненков с прилагательным «гунявый», то есть «лысый, плешивый». Сама по себе фамилия Гуненков является отчеством второго порядка: Гуненков – сын Гуненко, внук Гуни. Суффикс –енко может указывать на восточно-украинское или белорусское происхождение фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гуня, со временем получил фамилию Гуненков. О точном месте и времени возникновения фамилии Гуненков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Гуненков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.