Прозвище Гуня восходит к слову «гуня»: так в старину называлась ветхая худая одежда, лохмотья. Таким образом, можно предположить, что прозвище Гуня указывало на материальное положение или особенности поведения предка Гуненковых. Менее вероятна связь фамилии Гуненкова с прилагательным «гунявый», то есть «лысый, плешивый». Сама по себе фамилия Гуненкова является отчеством второго порядка: Гуненков – сын Гуненко, внук Гуни. Суффикс –енко может указывать на восточно-украинское или белорусское происхождение фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гуня, со временем получил фамилию Гуненкова.