Фамилия Гуненкова — это женская форма от мужской Гуненков, а та, в свою очередь, образована как отчество второго порядка. Сначала было прозвище Гуня, затем появилось «Гуненко» (сын Гуни), а уже от него — «Гуненков» (внук Гуни, а по сути — потомок). Суффикс -енко здесь — верный признак того, что корни фамилии ведут на восток Украины или в Беларусь: именно в этих землях такие модели были особенно распространены, а позже, при переносе в великорусскую среду, к ним добавили типичный русский суффикс -ов.

Что означало само прозвище Гуня? Самый прямой вариант — от слова «гуня», то есть ветхая, худая одежда, лохмотья. В старину так могли прозвать бедняка, чья одежда превратилась в обноски, либо человека небрежного, неряшливого в быту. Прозвища по одежде были очень живучи и давались без злого умысла — скорее как примета, которая прилипала к человеку в деревне.

Есть и другая версия, хотя она менее вероятна. В некоторых говорах «гунявый» означало «лысый, плешивый». Если исходить из неё, прозвище Гуня мог получить человек, лишённый волос на голове. Но связь с одеждой в народной ономастике встречается чаще, и для фамилии Гуненкова это основной вариант.

Сама фамилия недвусмысленно женского рода, поэтому её носительница в прошлом — дочь или жена того самого Гуненкова. Мужская форма в чистом виде сохранилась в документах и записях, а женская бытует в повседневной жизни как паспортная. Географически фамилия встречается в центральных областях России, но её украинский или белорусский след остаётся в словообразовательной схеме.