Фамилия Гунченков — редкий случай, когда суффикс -енков не указывает на украинское происхождение, а скорее выдает русскую северную или вятскую огласовку. Чаще всего фамилии на -енков (в отличие от массовых -енко) встречаются в Курской, Орловской областях и на Русском Севере, где когда-то смешались диалектные формы. Но основа у Гунченкова — не от «гунча» или «гунька», а от прозвища или имени Гунча, Гунька.

Самая вероятная версия: в основе лежит слово «гуня» или «гунька» — в старых русских говорах так называли ветхую, худую одежду, рубище, а также небрежного, неряшливого человека. «Гуня» известно с древности: в «Слове о полку Игореве» есть «гунское» (связанное с гуннами), но бытовое значение — именно лохмотья. Отсюда прозвище Гуня или Гунча мог получить бедняк, оборванец или, наоборот, тот, кто шил или торговал такой одеждой. Суффикс -енков — патронимический, «сын Гунченка», то есть сын человека по прозвищу Гунча.

Менее вероятная, но не исключенная версия — связь с диалектным «гунчить» (ныть, хныкать, капризничать). В этом случае Гунча — прозвище плаксивого или ворчливого человека. Такие прозвища по поведению были обычны: Хныка, Ворчун, Гунча. Однако «гунчить» — слово более южное и западное, а фамилия Гунченков тяготеет к северным областям.

Исходная форма фамилии — Гунченок (сын Гунчи), а при адаптации под русскую грамматику появилось окончание -ов. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с фамилией Гунченков в Вятской губернии и на Урале, что подтверждает северный след. Географически фамилия нечастая: по переписям XX века носители сосредоточены в Кировской области, Пермском крае и частично в Сибири — местах, куда переселялись вятские крестьяне.

Социально предки Гунченковых — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, реже — однодворцы. Фамилия не дворянская, не купеческая, без приставок и «-ский». Единственное, что выделяет ее на фоне соседних Кузнецовых и Поповых, — редкий суффикс и прозрачная, хоть и нелестная, основа.