Фамилия Гунченко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «маленький» или «сын» (сын Гунчи). В основе лежит прозвище Гунча, и его происхождение неоднозначно — есть две основные версии.

Первая отсылает к старинному диалектному глаголу «гундерить» — «есть краденое» или «болтать». Прозвище Гунча в этом случае носило ироничный оттенок: так могли назвать мошенника, плута или пустослова. Вторая версия связывает прозвище с названием кормовой травы гунджа — лучшего сорта для скота. Тогда Гунчой прозвали человека, который заготавливал или торговал этой травой, то есть прозвище указывало на род занятий.

Какая из гипотез правдоподобнее? В пользу второй говорит то, что прозвища от названий растений встречаются реже, чем от глаголов, и часто отражают реальную профессию. Но глагольная версия тоже имеет основания: в говорах «гундеть» означало не только «ныть», но и «говорить невнятно», а «гунджа» в некоторых регионах — ещё и «скупой человек». Поэтому нельзя исключать, что прозвище Гунча могло быть дано за манеру речи или характер.

Фамилия Гунченко — типично украинская по форме, но встречается и на юге России, куда переселялись казаки и крестьяне. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии фиксировались в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях. Со временем прозвище Гунча, изначально второе имя, полностью вытеснило крестильное, и фамилия закрепилась в роду.