Фамилия Гунеева — одна из тех, где на первый взгляд ясная основа таит в себе неожиданный поворот. В её центре лежит имя Гуней, которое представляет собой народный, фонетически переработанный вариант библейского имени Гуний. Это имя встречается в Ветхом Завете (один из внуков Неффалима) и восходит к древнееврейскому корню «гуни», что означает «расписанный», «раскрашенный» или «разрисованный». В святцы это имя не вошло, поэтому в русской традиции оно бытовало как редкое нецерковное, мирское имя.

При образовании фамилии сработала простая модель: к основе Гуней добавили типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ев. Форма Гунеева — это буквально «жена (или дочь) Гунея», хотя в современном употреблении фамилия давно утратила родовой оттенок и закрепилась за потомками по мужской линии. Интересно, что суффикс -ев указывает на мягкую основу (ГунеЙ — ГунеЕв), что типично для фамилий, образованных от имён и прозвищ с конечным -ей.

В отличие от фамилий на -ин, которые чаще возникали от основ на -а/-я, Гунеева стоит в ряду таких же «мягких» отчеств, как Андреев, Матвеев или Сергеев. Но если в основе лежит не каноническое имя, а редкое ветхозаветное в народной обработке, фамилия получает двойную ценность: она сохраняет и дохристианский пласт имён, и библейский след. Поскольку имя Гуний не было распространённым, носители фамилии Гунеева, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей, где это имя передавалось по традиции.