Фамилия Гунер в русском контексте — редкий случай, когда сразу бросается в глаза необычная основа. В ней нет типичного славянского корня, который легко угадывается («кузнец», «поп», «медведь»). Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая из прозвища, данного человеку по профессии или характерному занятию. Самая прямая и логичная версия отсылает к немецкому слову «Hüner» или «Hühner» — «куры». В немецких диалектах и в разговорной речи так могли называть птицевода, торговца птицей или просто человека, который держал много кур. Учитывая, что в России XVIII–XIX веков было много немецких переселенцев (ремесленников, колонистов, специалистов на заводы), фамилия Гунер могла появиться именно в этой среде и затем обрусела, потеряв умлаут и адаптировав написание.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — от немецкого «Hüne» (великан, богатырь). В этом случае прозвище Гунер давали крупному, рослому человеку. Однако для такой гипотезы меньше оснований: суффикс -er в немецком языке чаще образует названия профессий (как в словах Bäcker — пекарь, Fischer — рыбак), чем прозвища по внешности. Поэтому «птицевод» — объяснение более естественное и грамматически прозрачное.

С точки зрения русской словообразовательной модели, фамилия Гунер стоит в ряду так называемых «чистых» основ, без патронимических суффиксов -ов/-ев или -ин. Это характерно для фамилий, которые пришли из других языков и не успели или не захотели «обрасти» типичными русскими окончаниями. Встречаются такие фамилии чаще на юге России, в Поволжье и в Сибири — там, где исторически селились немецкие колонисты. Если ваш предок носил фамилию Гунер, вполне вероятно, что он был либо выходцем из немецких поселений, либо человеком, получившим прозвище от соседей за разведение домашней птицы, и прозвище это закрепилось как фамильное имя.