Фамилия Гунскова — женская форма фамилии Гунсков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Гунск. Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где суффикс -ск- (в отличие от более распространенного -ов/-ев) мог присоединяться к личным прозвищам, а не только к географическим названиям. Это сразу отличает фамилию от массы «стандартных» отчеств на -ов.

Основа Гунск- восходит к слову «гунс(к)» — диалектному варианту «гусь» или «гусак». В архангельских, вологодских и вятских говорах «гунс» или «гунск» означало самца гуся. Прозвище Гунск давали либо человеку с длинной шеей, либо тому, кто, по мнению окружающих, походкой или голосом напоминал гусака. Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с древнерусским «гунети» — гудеть, гнусавить, но тогда ожидалась бы форма Гуня или Гунька, а не Гунск.

Географически фамилия Гунсковы (и Гунскова) наиболее плотно представлена в Кировской области и на юге Архангельской — в зоне бытования северорусского наречия. Это косвенно подтверждает версию с «гунском»: именно в этих краях слово сохранялось в живом употреблении до XX века.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным или черносошным крестьянам. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Встречается она и у старообрядцев — в Поморье и на Вятке фамилия нередко фиксировалась в среде беспоповцев, где прозвища с «птичьим» корнем давали безотносительно к церковным святцам.