Фамилия Гусеновы образована от личного имени Гусен — русифицированной версии арабского имени Хусейн (Ḥussayn). В переводе с арабского оно означает «красивый, хороший». Традиционно имя Хусейн давали одному из мальчиков-близнецов. Это имя носил третий шиитский имам Хусейн ибн Али, внук пророка Мухаммеда, сын Али ибн Абу Талиба и Фатимы. После гибели брата Хасана он возглавил восстание в Куфе, но потерпел поражение от Омейядов. 10 октября 680 года Хусейн ибн Али погиб в битве под Кербелой. День его кончины шииты отмечают как шахсей-вахсей — день поминовения.

Фамилия построена по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «Гусенов» буквально значит «сын Гусена» или «из рода Гусена». Такая модель была распространена в среде крещёных народов Поволжья и Кавказа, где арабские и тюркские имена адаптировали к русской фамильной системе. Встречается фамилия и в исторических документах: в записях начала XX века упоминается Гусенов Магомед (родился в 1902 году).

Стоит отметить, что фамилия Гусеновы бытует в основном в регионах с мусульманским населением — в Дагестане, Чечне, Татарстане и среди азербайджанцев. Встречаются варианты написания: Гусейнов (более распространённый) и Гусенов. Разница в суффиксе не меняет корня — оба варианта восходят к тому же имени Хусейн. Однако фамилия Гусеновы могла закрепиться в тех семьях, где имя записывали в упрощённой форме, без «й» в середине, что типично для русскоязычных документов XIX — начала XX века.

Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения конкретной ветви Гусеновых можно только после серьёзных генеалогических изысканий: процесс формирования фамилии был длительным, и разные семьи могли получить её независимо друг от друга в разных местностях.