Фамилия Гузеря — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма указывает на то, что перед нами, скорее всего, не типичная русская фамилия на -ов/-ев или -ин, а украинская, белорусская или южнорусская, образованная от прозвища. Суффикс -еря встречается в восточнославянских фамилиях нечасто, но он характерен для прозвищ, описывающих человека по действию или поведению.

Самая вероятная версия связывает основу «гуз» с диалектным словом «гуз» — задняя часть, круп, или «гузка» — хвостовая кость у птицы. В переносном смысле «гуз» могло означать медлительного, неповоротливого человека, либо того, кто постоянно «плетётся в хвосте». В русских говорах есть глагол «гузерить» — делать что-то медленно, копаться, возиться. Отсюда прозвище Гузеря — копун, мешкотный человек. Суффикс -еря (как в словах «копуша», «растеря») усиливает пренебрежительный или шутливый оттенок.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками, где «гуз» означает «глаз» или «сила», однако для фамилии Гузеря такая версия слаба: окончание -еря нехарактерно для тюркских заимствований в русском. Также маловероятно происхождение от крестильного имени: аналогов в православных святцах нет.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Украине, Белоруссии, югу России. Встречается она крайне редко, в основном в единичных записях. Носители фамилии Гузеря, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, получивших прозвище за неторопливость или, наоборот, за суетливость — в зависимости от того, какой смысл вкладывали в слово в конкретной местности. Точных данных о дворянском происхождении или известных исторических личностях с этой фамилией нет — это «народная» фамилия, возникшая в быту.