Фамилия Гянджаев — редкий случай, когда географическое название в основе не уводит в глубь веков, а указывает на вполне конкретное место: город Гянджа в современном Азербайджане. Модель образования прозрачна: тюркский топоним Гянджа плюс русский патронимический суффикс -ев, который добавили при оформлении фамилии по русскому образцу. Носитель такой фамилии — потомок человека, которого называли Гянджалы, то есть «выходец из Гянджи». В тюркской среде такие прозвища давали переселенцам, купцам или ремесленникам, переехавшим из одного города в другой.

Интересна буква «я» в начале корня. В тюркских языках название города звучит как Gəncə, где первая гласная близка к русскому «э» или мягкому «е». Русская передача через «Гянджа» закрепилась в XIX веке, когда город входил в состав Российской империи, и это написание перешло в фамилию. Если бы фамилия оформлялась в советское время, скорее всего, получился бы вариант Гянджев или Генджев — с более точной передачей произношения.

По сословной принадлежности Гянджаевы, вероятно, относились к мещанам или купцам, а не к дворянству: фамилии от названий городов в среде русского купечества и разночинцев не редкость, а вот у знати преобладали фамилии на -ский от владельческих топонимов. Встречается фамилия в основном на Северном Кавказе, в Астраханской области и в Закавказье — там, где исторически жили общины выходцев из Гянджи. Встречается и у азербайджанцев, и у горских евреев, и у русских, что лишний раз подтверждает: фамилию давали не по национальности, а по месту происхождения.

Говорить о точной дате возникновения сложно. Массовое закрепление фамилий у тюркских народов Российской империи пришлось на вторую половину XIX — начало XX века, и Гянджаев мог появиться как раз в этот период, когда бывшее прозвище «Гянджалы» записали в метрическую книгу по русской модели. Других версий происхождения, кроме топонимической, у этой фамилии нет — корень слишком конкретен, чтобы возводить его к прозвищу или профессии.