Фамилия Игнатьев-Бородухины — двойная, и её части рассказывают о разных ветвях семейной истории. Первая часть, Игнатьев, восходит к мужскому церковному имени Игнатий, которое в переводе с латинского означает «огненный». Это одна из самых известных русских дворянских фамилий: Игнатьевы — графский и дворянские роды, один из которых ведёт начало от Фёдора Бяконта. Его праправнук Игнатий Константинович дал фамилию своим потомкам. В истории известны Фёдор Иванович Игнатьев, постельничий Михаила Фёдоровича, Степан Лукич Игнатьев, генерал-поручик и санкт-петербургский обер-комендант, а также генерал-адъютант Павел Николаевич Игнатьев, возведённый в графское достоинство в 1877 году. Род Игнатьевых внесён в VI часть родословных книг Новгородской, Смоленской, Тверской, Тульской, Московской и Псковской губерний.

Вторая часть фамилии, Бородухин, происходит от прозвища Бородуха. В его основе — слово «борода», то есть волосяной покров нижней части лица. Прозвище давали обладателю густой или длинной бороды — приметной черте, которая легко закреплялась за человеком и переходила к его детям уже в виде фамилии. Модель образования Бородухин типична для русских фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я.

Соединение двух фамилий в одну — Игнатьев-Бородухины — говорит о том, что носитель хотел сохранить память о разных предках или о присоединении менее знатного рода к более известному. О точном времени и месте возникновения этой двойной фамилии сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным, и такие составные варианты часто появлялись в XIX веке. Тем не менее, фамилия Игнатьев-Бородухины остаётся памятником сразу двум традициям: книжной, церковной, идущей от имени Игнатий, и народной, прозвищной, связанной с внешностью.