Фамилия Ильбери — редкий случай, когда основа не поддается однозначной славянской этимологии. В русском ономастиконе фамилий на -и/-ы немного, и почти все они либо тюркского происхождения (как, например, Ахметши, Баишев), либо образованы от прозвищ, застывших в форме множественного числа (типа Черных, Косых). Ильбери тяготеет к первой группе.

Скорее всего, в основе лежит тюркское личное имя или прозвище Ильбер (Ильбери). В древнетюркском «иль» — «народ, страна», «бер» — «дающий». Составное имя Ильбер можно перевести как «дарующий народу» или «властитель народа». У некоторых тюркских народов (например, у волжских булгар) слово «ильбер» обозначало высокий военно-административный титул, приблизительно соответствующий князю или наместнику. Таким образом, фамилия Ильбери могла принадлежать потомку человека, носившего это имя или титул.

Менее вероятна, но возможна версия о происхождении от географического названия. На Кавказе и в Поволжье встречаются топонимы с корнем «ильб» (например, гора Ильбири в Дагестане). В таком случае фамилия могла возникнуть как указание на выходца из этих мест — «Ильбери» в значении «тот, кто с Ильбири». Однако эта версия слабее, так как топонимические фамилии в русской среде обычно оформляются суффиксами -ский или -ов, а не чистой основой.

Суффикс -и в фамилии Ильбери выполняет функцию притяжательности, характерную для тюркских языков: «принадлежащий Ильберу» или «из рода Ильбера». В русском языке такие фамилии не склоняются (Ильбери, Ильбери, об Ильбери), что также подтверждает их иноязычное происхождение. Сословно фамилия могла принадлежать как служилым татарам, так и крещеным народам Поволжья — точных данных о распространении нет, но по звучанию она явно не из центральной России.

Искать однокоренные фамилии в чисто русском контексте бесполезно: Ильбери стоит особняком. Ближайшие аналоги — фамилии тюркского происхождения вроде Ильбулов, Ильдаров, где корень «иль» означает «страна, народ».