Фамилия Илинзеер — редкая, составная и, скорее всего, искусственного происхождения. В русской ономастике она не укладывается в привычные модели крестьянских или дворянских фамилий, образованных от имени, прозвища или ремесла. Её структура указывает на то, что перед нами не исконно славянская, а заимствованная или сконструированная фамилия, которая могла появиться в среде образованного городского сословия, духовенства или обрусевших иностранцев в XVIII–XIX веках.

Первая часть — «Илин» — почти наверняка восходит к русскому имени Илья (в родительном падеже: «Ильин»). В русских фамилиях суффикс -ин типичен для образования от личных имён (Ильин, Фомин, Кузьмин). Здесь он мог быть записан без редукции гласной, что нередко встречалось в документах или при вольном написании. Вторая часть — «зеер» — явно не славянская. Она напоминает немецкое «See» (озеро) или «Seer» (провидец, ясновидящий), а также может быть искажением слова «Sohn» (сын) или топонимического окончания. Скорее всего, «зеер» — это немецкий корень, означающий «озеро» (der See), и вся фамилия могла означать «Ильинское озеро» или «озеро Ильи».

Есть две основные версии происхождения. Первая: перед нами «переводная» фамилия, созданная в среде русского духовенства, где было принято давать семинаристам «красивые» фамилии на латинский или немецкий манер. В таком случае «Илинзеер» могло быть калькой с греческого или латыни — например, от «Helymaus» (озеро Ильи) или просто фантазией наставника. Вторая версия: фамилия принадлежала обрусевшим немцам, выходцам из Прибалтики или Поволжья, которые добавили к немецкому корню русское имя. Встречаются единичные примеры фамилии Илинзеер в метрических книгах Санкт-Петербургской губернии начала XX века, что косвенно подтверждает её городское и, возможно, лютеранское происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ильин, Ильинский, Зееров, Зеер — показывает, что Илинзеер стоит особняком. Если Ильинских много, то Илинзеер — штучная фамилия, носители которой, вероятно, были немногочисленны и связаны с интеллигенцией или чиновничеством. Спорных версий здесь немного: попытка вывести «зеер» из тюркского или финно-угорского корня маловероятна из-за чёткой немецкой огласовки. Таким образом, фамилия Илинзеер — это гибрид, в котором русское имя соединилось с немецким словом, что делает её ярким примером межкультурного заимствования в российской истории.