Фамилия Индакова — женская форма фамилии Индаков, и её разбор стоит начать с суффикса. В русской ономастике суффикс -ов-/-ев- типичен для фамилий, образованных от полных или кратких форм крестильных имён (Петров, Иванов), а также от прозвищ и мирских имён. Однако здесь мы видим суффикс -ак-, который обычно указывает на принадлежность к чему-либо или на характерный признак. Основа «Индак» скорее всего восходит к прозвищу или мирскому имени.

Наиболее вероятная версия: Индак — это диалектная или просторечная форма имени Иннокентий. В русских говорах было распространено сокращение «Инка» или «Иня», а суффикс -ак- (как в «Кузьмак» от Кузьма) мог дать форму «Индак». То есть предок носителя фамилии мог носить имя Иннокентий, которое в быту звучало как Индак. Это объяснение простое и логичное, оно опирается на типичную модель образования русских фамилий от разговорных вариантов канонических имён.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «индак» или «ындых» может означать «здесь, тут» или быть частью сложных имён, но для центральной России и Поволжья, где фамилия встречается, это скорее исключение. Если бы фамилия была тюркской, суффикс -ов- указывал бы на русификацию, но тогда основа звучала бы иначе — например, «Индаков» от «Индак» как прозвища «местный».

Географически фамилия Индакова (и Индаков) нередка в Вологодской, Архангельской областях и в Сибири — регионах, куда переселялись крестьяне из северных губерний. Это косвенно подтверждает версию о русском происхождении: в северных говорах любили суффикс -ак- (ср. «Мошак» от Моисей, «Гуряк» от Гурий). Социальный контекст прост: предки были крестьянами или посадскими людьми, а фамилия закрепилась за ними в XVII–XIX веках при переписях.

Однокоренные фамилии — Индаков, Индакова, а также редкие Индачёв или Индаковский, если встречаются. Отличие Индаковой от других фамилий на -ак- (Соболев, Козлов) в том, что основа не животное или предмет, а личное имя. Это делает фамилию «патронимической» по сути: она отвечает на вопрос «чей?» — сын или дочь Индака.