Фамилия Инкижинова — женская форма фамилии Инкижинов, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. В основе лежит топоним Инкижино — село в Заиграевском районе Бурятии. Такая модель образования (название села + суффикс -ов/-ев) типична для русских фамилий, возникших в XIX — начале XX века, когда крестьянам, переселенцам или служилым людям давали фамилию по месту жительства или выхода. Таким образом, первый носитель фамилии Инкижинов, скорее всего, был выходцем из села Инкижино или его окрестностей.

Окончание -а в женской форме указывает на принадлежность к роду: Инкижинова — «жена или дочь Инкижинова». Сама фамилия Инкижинов образована с помощью русского патронимического суффикса -ов, присоединённого к основе Инкижин-. А та, в свою очередь, происходит от названия села Инкижино, которое, по всей видимости, восходит к бурятскому личному имени или родовому названию. В бурятской ономастике распространены имена с основой «инки» (возможно, от «инхэ» — «весёлый» или от названия рода), но точная этимология топонима остаётся предметом споров.

Фамилия встречается почти исключительно в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае — на территориях, где исторически компактно проживают буряты. Это одна из тех фамилий, которые не получили широкого распространения за пределами региона, что делает её хорошим маркером локальных миграций. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия фиксируется в документах Забайкальской области, среди крестьян и казаков, часто — с пометкой «инородцы» (так тогда называли коренные народы Сибири).

Учитывая, что село Инкижино существует и сегодня, можно предположить, что фамилия возникла относительно поздно, не ранее середины XIX века, когда в регионе начали массово закреплять фамилии за бурятским населением при переходе к оседлости и учёту. Это не древняя боярская или дворянская фамилия, а типичный для Сибири «географический» антропоним, отражающий привязку человека к конкретному месту.