Фамилия Иночкины образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. В основе лежит церковное мужское имя Иннокентий, точнее его ласкательная форма — Иночка. Такой способ образования — от уменьшительного варианта полного имени — типичен для русских фамилий на -ин: сначала возникало семейное прозвище Иночка, а затем дети и внуки получали фамилию Иночкины («чьи?» — Иночкины дети).

Само имя Иннокентий — древнее, пришло к нам из Византии. В переводе с латинского оно означает «невинный». Судьба этого имени интересна тем, что называли им людей далеко не святых: известно, что так звали нескольких римских императоров и полководцев, не отличавшихся мягкостью характера и безобидностью нрава. Эта историческая ирония — хороший повод не искать в основе фамилии обязательных указаний на кроткий нрав предка.

О точном месте и времени возникновения фамилии Иночкины сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным и шёл в разных регионах с разной скоростью. Однако по модели образования (суффикс -ин) можно уверенно сказать, что фамилия закрепилась в среде, где активно использовали уменьшительные формы крестильных имён, а это характерно для центральных и северных областей России.