Фамилия Иночкина — женская форма, а её мужской вариант — Иночкин. В основе этой фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Инок. В Древней Руси «иноком» называли монаха, отшельника, человека, живущего в уединении. Слово это общеславянского происхождения, родственное «иной» — то есть «другой», «отдельный». Прозвище Инок могли дать не только служителю церкви, но и мирянину, который вёл замкнутый образ жизни, сторонился людей или, наоборот, был настолько серьёзен и аскетичен, что окружающие сравнивали его с монахом.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Иночкин, то есть сын или потомок Инока. Уменьшительная форма Иночка (а не полное Инок) говорит о том, что прозвище могло относиться к молодому человеку или к тому, кого в семье ласково называли «иноком» за его скромность. Такие патронимические фамилии на -ин чаще всего закреплялись за крестьянскими и мещанскими родами.

Встречаемость фамилии Иночкин/Иночкина невысока, она рассеяна по центральным и южным областям России, встречается в старых переписях Пензенской, Рязанской и Тамбовской губерний. Это не фамилия духовного сословия — семинаристы чаще получали фамилии от названий церквей или греческих корней. Иночкины, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, носивших бытовое прозвище. Любопытно, что в некоторых говорах «инок» могло быть диалектным вариантом слова «индюк» (от звукоподражания «инь-инь»), но эта версия менее вероятна: для птичьего прозвища обычно использовали форму «Индык» или «Индейкин», а не «Инок».