Фамилия Ионочкина — женская форма, а мужская, Ионочкин, встречается реже. С первого взгляда корень кажется церковным, от имени Иона, но на деле всё сложнее и интереснее.

Самая очевидная версия — происхождение от крестильного имени Иона. В православных святцах это имя носили несколько святых, самый известный — пророк Иона. Однако в русском быту полная форма Иона почти не использовалась. В народе имя адаптировали как Ион, а уменьшительные формы пошли от него: Ионка, Ионочка. Вот от Ионочки и образована фамилия через суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ионочкин, то есть сын или потомок Ионочки. Модель типична для северных и центральных регионов России, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Но есть нюанс: фамилия могла возникнуть и без связи с библейским именем. В русских говорах слово «иона» или «ионка» изредка означало болтуна, пустомелю. В словаре Даля встречается глагол «ионить» — говорить вздор, пустословить. Если прозвище Ионочка дали человеку за болтливость, то фамилия пошла от мирского прозвища, а не от имени. Такие случаи нередки: церковное имя и бытовое прозвище могли звучать одинаково, но означать разное.

Третья, менее вероятная версия — связь с греческим словом «ион» (фиалка). Но для русского крестьянина назвать сына Фиалкой было бы странно, а в качестве прозвища цветочные мотивы встречаются редко и обычно у женщин. Поэтому эту гипотезу стоит отбросить.

Географически фамилия Ионочкина редкая, встречается точечно, без ярко выраженного ареала. В дореволюционных метриках она изредка попадается в Тверской и Ярославской губерниях, что косвенно подтверждает северное происхождение на -ин. Сословно носители — скорее всего, крестьяне или мещане, потому что дворянские фамилии с таким суффиксом и редким корнем почти не фиксировались.

По написанию фамилия устойчива: двойное «о» в начале нехарактерно для русских фамилий, что выдаёт её книжное или церковное влияние. В быту её могли упрощать до Иночкина, но официальная форма сохранила начальное «Ио». Это одна из тех фамилий, где ударение падает на второй слог — Ио́ночкина, хотя в разговорной речи иногда смещается на третий.

Итог: скорее всего, предок носителя фамилии был либо Ионочкой (уменьшительное от Иона), либо получил прозвище за привычку болтать без умолку. Обе версии имеют право на жизнь, и без точной записи в метрической книге выбрать между ними сложно.