Фамилия Ионочкин — наглядный пример того, как редкая уменьшительная форма церковного имени закрепилась в качестве родового прозвания. В её основе лежит имя Иона, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка и означает «голубь» (по другой версии — «терпеливый»). От полного имени Иона в народной среде образовали ласковый вариант — Ионочка. Именно эта уменьшительная форма легла в основу фамилии: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Ионочкин буквально значит «сын Ионочки» или «потомок того, кого звали Ионочка».

Словообразовательная модель здесь та же, что и в фамилиях Петин (от Петя), Васин (от Вася) или Толин (от Толя), но с той разницей, что исходное имя Иона встречалось гораздо реже, чем Пётр или Василий. Поэтому и фамилия Ионочкин не относится к числу распространённых. По сути, это патроним — отчество, которое перешло в разряд фамилий и закрепилось за семьёй.

Интересно, что имя Иона в русских святцах связано прежде всего с библейским пророком, которого по преданию проглотил кит. Однако в быту это имя не было популярным: его давали в основном в монашеской среде или в крестьянских семьях, следовавших строгой традиции называть детей по святцам. Соответственно, носители фамилии Ионочкин, скорее всего, происходят из тех слоёв населения, где имя Иона ещё сохранялось в обиходе, — из духовенства или старообрядческих общин, реже из крестьянства. Версия о дворянском происхождении маловероятна: в родословных книгах эта фамилия не упоминается.

По написанию фамилия устойчива: двойное «о» в корне (Ионочкин, а не Ионачкин или Ионкин) сохраняет следы церковнославянской традиции произношения. Встречающийся изредка вариант Ионачкин — более поздняя народная переделка, где ударный звук изменился под влиянием акающих говоров.