Фамилия Иноков — один из редких примеров, когда в основе лежит не мирское прозвище или профессия, а церковный статус. Образована она по стандартной патронимической модели: к основе «Инок» добавили суффикс принадлежности -ов. В буквальном смысле Иноков — «сын инока» или «принадлежащий иноку».

Инок — это церковнославянское название монаха, человека, принявшего постриг. Слово происходит от прилагательного «инъ» (одинокий, один) — то есть тот, кто живёт в одиночестве, отшельник. В дореволюционной России фамилии от слова «инок» фиксировались редко, потому что сами монахи, давая обет безбрачия, не оставляли потомства, которое могло бы унаследовать такое именование.

Как же тогда появились Иноковы? Самая вероятная версия: прозвище Инок давали не монаху, а мирянину. В крестьянской или посадской среде так могли назвать человека, который вёл аскетичный образ жизни, избегал мирских утех, много молился или носил тёмную, напоминающую рясу одежду. Второй вариант — фамилия могла возникнуть у «монастырских крестьян» или «служек» — людей, живших и работавших при монастыре, но не принимавших постриг. Их дети могли получить прозвище по месту службы или по духовному статусу отца (например, «Ивашка Иноков сын»).

В ономастике фамилия Иноков стоит в одном ряду с такими же «монашескими» фамилиями, как Чернецов, Келарев, Игумнов. Но если Игумновых или Чернецовых встречается заметно больше, то Иноков — фамилия штучная, сконцентрированная в основном в центральных и северных губерниях России, где было много старых монастырей. Встретить её в южных казачьих областях или в Сибири почти невозможно — это указывает на её северное происхождение.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна, но в ней есть одна особенность: ударение. В большинстве говоров фамилия произносится с ударением на первый слог — И́ноков, хотя слово «инок» в церковном обиходе часто звучало с ударением на второй слог (инóк). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в бытовой, а не в книжной среде — крестьяне произносили её по привычке, как было удобно.