Фамилия Инноков — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первой буквы. На слух она кажется производной от имени Иннокентий, но механизм образования здесь нестандартный. Если бы фамилию образовали напрямую от полной формы имени, мы бы получили Иннокентьев или, в просторечии, Иннокентьевский. Вместо этого перед нами короткая основа Иннок-, что заставляет искать другое объяснение.

Скорее всего, в основе лежит неканоническое имя или прозвище Иннок. В русской ономастике известен случай, когда от сокращённой формы имени (Кеня от Иннокентий, Кеша от Иннокентий) образовывали фамилии Кенин, Кешин. Но Иннок — редкий вариант. Возможно, это диалектное или просторечное прозвище, которое дали человеку по какой-то внешней или поведенческой черте, например, «инный» (иной, другой) или «инок» (монах) с усилением. Версия с монашеством выглядит правдоподобно: прозвище Иннок могли дать мирянину, который вёл аскетичный образ жизни или часто бывал в монастыре. В этом случае фамилия образована по модели «прозвище + -ов», то есть «сын Иннока».

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель, распространённую в центральных и северных губерниях. Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в одном-двух уездах. Встречаются единичные упоминания Инноковых в документах XIX века на территории Вятской и Пермской губерний, что косвенно подтверждает версию о прозвище от «инок»: в этих краях старообрядческие скиты и монастыри были распространены, и прозвище могло закрепиться за выходцами из такой среды.

Таким образом, Инноков — скорее всего, не «сын Иннокентия», а «сын того, кого прозвали Инноком». Точное значение прозвища уже не восстановить, но монашеский след — наиболее вероятная нить.