Фамилия Иннокентьевы — одна из тех, что образована прямо от полного крестильного имени, без промежуточных прозвищ. Её основа — мужское имя Иннокентий, которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка и означало «невинный». В церковной традиции это имя связано с несколькими святыми, но для истории фамилии особенно важен Иннокентий (Вениаминов), митрополит Московский и Коломенский. Он известен как просветитель Сибири, Дальнего Востока и Русской Америки — за миссионерскую деятельность и благочестие его причислили к лику святых.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Иннокентьевы — это буквально «дети Иннокентия». Такая модель типична для русского ономастикона, но конкретно эта фамилия встречается реже, чем производные от более распространённых имён. Причина в том, что само имя Иннокентий в народной среде было нечастым: его давали в основном в семьях духовенства или образованных горожан. Поэтому, вопреки расхожему мнению, основатель рода Иннокентьевых скорее всего был человеком из состоятельного или церковного сословия, а не из крестьян.

География фамилии необычна. Если многие фамилии на -ов/-ев концентрируются в центральной России, то Иннокентьевы — характерный пример для Якутии. В Книге памяти Республики Саха упоминаются сразу несколько носителей: Гавриил Прокопьевич Иннокентьев (1905 года рождения, из Соморсунского наслега Амгинского улуса) и Иван Михайлович Иннокентьев (1902 года рождения, из Чуарского наслега Нюрбинского улуса). Это не случайность: имя Иннокентий было особенно почитаемо в Сибири благодаря миссионерству святого, и местное население часто называло им детей. Фамилия закрепилась там, где влияние церкви было сильным.

Среди известных однофамильцев — заслуженный деятель искусств Николай Николаевич Иннокентьев. Но в целом фамилия остаётся редкой, и её носители часто связаны с северными и восточными регионами страны. Окончательно говорить о точном времени и месте возникновения конкретной ветви можно только после серьёзных генеалогических изысканий — процесс формирования фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности.