Фамилия Иннокентьева образована от полного церковного имени Иннокентий, которое в переводе с греческого означает «невинный». Имя это в православной традиции связано с почитанием святого Иннокентия — митрополита Московского и Коломенского, прославившегося как просветитель Сибири, Дальнего Востока и Америки. За благочестие и миссионерские труды он был причислен к лику святых. Именно эта фигура, скорее всего, повлияла на распространение имени, а значит, и фамилии, в среде духовенства и образованных слоёв населения.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе имени Иннокентий добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Фамилия означает «сын Иннокентия» или «потомок Иннокентия». Встречается и мужская форма — Иннокентьев, и женская — Иннокентьева. Поскольку имя было редким и книжным, а не простонародным, основатель рода, вероятно, принадлежал к состоятельному сословию — купечеству, духовенству или дворянству.

География фамилии показывает интересную особенность: она заметно чаще встречается в Сибири и на Дальнем Востоке, чем в центральной России. Это прямо связано с почитанием святого Иннокентия, который был особенно значим для этих регионов. В Книге памяти Республики Саха (Якутия) упоминаются несколько носителей фамилии: Гавриил Прокопьевич Иннокентьев, родившийся в 1905 году в Соморсунском наслеге Амгинского улуса, и Иван Михайлович Иннокентьев, родившийся в 1902 году в Чуарском наслеге Нюрбинского улуса. Это подтверждает, что фамилия укоренилась именно в якутских землях, где имя Иннокентий было особенно популярно.

Среди известных однофамильцев — заслуженный деятель искусств Николай Николаевич Иннокентьев. Сама фамилия, несмотря на кажущуюся простоту, несёт отпечаток церковной и миссионерской истории, а её сибирский след делает её не просто родовым именем, а маркером географической и культурной принадлежности.