Фамилия Инокентьева — женская форма от Инокентьев, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Инокентий. Это русская адаптация латинского Innocentius, что значит «безобидный, невинный». В церковной традиции имя известно благодаря нескольким святым, в том числе первому епископу Иркутскому Иннокентию (Кульчицкому), что наложило отпечаток на географию фамилии.

Сама модель типична для центральной России и севера: суффикс -ев присоединялся к именам на мягкий согласный. Если бы фамилия произошла от формы Иннокентий (с двойным «н»), писали бы Иннокентьев, но в бытовой речи и документах двойное «н» часто упрощалось — отсюда и вариант Инокентьев. Встречается он реже, чем канонический Иннокентьев, но именно такое написание указывает на простонародное, нецерковное происхождение: крестьянин или мещанин, чьего предка в метрике записали «на слух».

Фамилия не относится к дворянским и не указывает на конкретное ремесло. Её носитель — потомок человека по имени Инокентий, которого так назвали в честь святого, но без претензий на учёную или духовную фамилию. Встречается преимущественно в центральных и северных губерниях России, а также среди старообрядцев, где имя Иннокентий было популярно.

Известных исторических личностей с фамилией Инокентьева (в отличие от Иннокентьевой) в открытых источниках не зафиксировано. Это не делает её менее интересной: напротив, такое написание — живая примета народной фонетики, сохранившаяся в паспорте.