Фамилия Иннокентьев — одна из тех, что сразу указывает на имя своего первого носителя. В основе лежит каноническое мужское имя Иннокентий, которое пришло в русский язык из греческого и означает «невинный». Церковь почитает нескольких святых с этим именем, но самый известный в России — митрополит Московский и Коломенский Иннокентий (Вениаминов). Его называют просветителем Сибири, Дальнего Востока и Аляски. За свою миссионерскую деятельность и праведную жизнь он причислен к лику святых, и именно его авторитет мог сделать имя Иннокентий особенно распространённым в духовной среде.

Модель образования фамилии стандартная для русского дворянства, духовенства и купечества: к основе имени добавляется суффикс принадлежности -ев (после мягкого согласного «й» в конце основы). Фамилия Иннокентьев буквально значит «сын Иннокентия» или «потомок Иннокентия». Судя по тому, что имя было полным, а не уменьшительным (Иннокентий, а не Кеша или Кеня), предок носителя фамилии, скорее всего, принадлежал к образованным или состоятельным слоям общества — крестьяне в быту чаще использовали просторечные формы.

География фамилии необычна. Хотя имя Иннокентий встречается по всей России, фамилия Иннокентьев особенно плотно закрепилась в Якутии. Книга памяти Республики Саха фиксирует немало носителей: например, Гавриил Прокопьевич Иннокентьев (1905 года рождения, из Соморсунского наслега Амгинского улуса) и Иван Михайлович Иннокентьев (1902 года рождения, из Чуарского наслега Нюрбинского улуса). Это не случайность: активная миссионерская деятельность святителя Иннокентия в XIX веке привела к тому, что имя стало массовым среди крещёного населения Сибири, а отчество превратилось в наследственную фамилию.

Среди известных однофамильцев — заслуженный деятель искусств России Николай Николаевич Иннокентьев. В целом фамилия остаётся сравнительно редкой за пределами Якутии и восточных регионов, что делает её хорошим маркером семейной истории, связанной либо с духовным сословием, либо с сибирскими корнями.