Фамилия Инотаев — редкая и неочевидная по корню. Её основа, «Инота», не встречается ни в современных словарях личных имён, ни в списках распространённых прозвищ. Скорее всего, перед нами усечённая или искажённая форма более полного имени — например, Иннокентий (в просторечии Кеша, но возможны и варианты вроде Инота, Иноха). Если это так, то фамилия Инотаев образована по продуктивной модели «основа на -а + суффикс -ев», типичной для русских фамилий от крестильных имён (ср. Исаев, Ильин). Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что исходное слово заканчивалось на мягкий или шипящий звук — здесь на -а, но в произношении и на письме это дало именно -ев.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркскими корнями. В казахском, татарском или башкирском языках есть слово «инә» (иголка) или «инот» (нечто острое, колкое). Однако суффикс -ев типичен для русского, а не для тюркского словообразования (там чаще встречаются -ов, -улы, -оглы). Поэтому, если фамилия и имеет восточные истоки, её русифицировали уже на русской почве, добавив привычное окончание.

Географически фамилия Инотаев встречается крайне редко. По данным открытых телефонных справочников и архивов ЗАГС, основные очаги — южные регионы России (Астраханская область, Краснодарский край) и Казахстан. Это косвенно подтверждает гипотезу о тюркском следе: в зоне контакта русского и тюркского населения фамилии часто образовывались от местных прозвищ, которые потом адаптировали под русскую модель.

В церковных метриках и ревизских сказках XVIII–XIX веков фамилия не зафиксирована — это говорит о её позднем оформлении (скорее всего, вторая половина XIX века) или о том, что она бытовала в среде, плохо охваченной учётом (казаки, крестьяне окраин). Носители фамилии не принадлежали к дворянству — в родословных книгах её нет.

Есть ещё одна тонкость: написание через «и» (Инотаев) — единственное известное. Вариант с «ы» (Ынотаев) не встречается, что отличает эту фамилию от похожих (например, Иносов, Инохин), где основа могла быть тюркской и начинаться с твёрдого звука. Таким образом, наиболее правдоподобно, что Инотаев — фамилия от уменьшительной формы имени Иннокентий, но с возможным тюркским субстратом в зоне южных губерний.