Основой фамилии Инюхина послужило церковное имя Инюха. Мужское крестильное имя Иннокентий в переводе с греческого означает «невинный». В основу фамилии, вероятнее всего, легла производная форма этого имени — Инюха. Возможно также, что в основе этой фамилии лежит название реки Инюха. Инюха - это приток Иваньковского водохранилища, берет начало в Калининском районе Тверской области. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Инюха, со временем получил фамилию Инюхина.