Крестильное мужское имя Илья является видоизмененной формой библейского имени Элияху (Eliyahu), которое переводится с древнееврейского как «мой Бог – Господь», то есть «мой Бог – Бог истинный». Вероятно, основатель рода Ильюхиных был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ильюха, со временем получил фамилию Ильюхина.