Основой фамилии Ильюхъина послужило церковное имя Ильюхъ. Имя Ильюхъ, вероятно является уменьшительной формой мужского имени Илья. Оно представляет собой видоизмененную форму библейского имени Eliyahu, которое переводится с древнееврейского как «мой Бог – Господь», то есть «Мой Бог – Бог истинный». Одним из святых покровителей этого имени является Илья-пророк – легендарная фигура в еврейской и христианской традиции, чудотворец и прорицатель, грозный обличитель идолопоклонства. Скорее всего, основатель рода Ильюхъиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ильюхъ, со временем получил фамилию Ильюхъин.