Фамилия Иоанесянц — одна из тех, где армянская основа нарастила русский суффикс, а потом и русское окончание. Корень здесь — Иоанес, армянская форма имени Иоанн (то есть Иван). В самой Армении фамилия обычно звучит как Иоанесян (с суффиксом -ян, означающим «из рода»). Но в российской записи к ней добавился суффикс -ц, характерный для южнорусских и украинских фамилий (вроде Коваленко — Коваленцов). Получилась гибридная форма: армянская родовая основа плюс русский патронимический суффикс, который в XIX веке часто давали выходцам из Закавказья при записи в метрические книги или военные списки.

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был армянином по происхождению, но жил или служил на территории Российской империи — например, в армянских колониях Астрахани, Моздока или на Кубани. Там при оформлении документов к привычному -ян могли приписать -ц, чтобы фамилия звучала «по-русски» (как у казаков или мещан). Встречаются и варианты Иоанесянцев — ещё более русифицированный.

Менее вероятно, но не исключено, что корень восходит к греческому Иоаннис, а фамилия принадлежала грекам Приазовья или понтийским грекам, которые тоже использовали форму Иоанес. Но армянская версия основная: суффикс -ян в фамилии почти однозначно указывает на армянское происхождение.

Сама фамилия редкая. В современных справочниках и телефонных базах она встречается единично, в основном на юге России и в московском регионе. Это значит, что носителей мало, и каждый из них — хранитель довольно необычной записи, где армянское имя обработано сразу двумя формантами: армянским и русским.