Фамилия Иоаннесиян — один из ярких примеров того, как русская письменность адаптировала армянскую фамильную модель. Её основа — церковное имя Иоанн (библейский аналог древнееврейского Йоханан, «Бог милует»), а суффикс -ян (в старой орфографии -янц) указывает на принадлежность к роду: буквально «из дома Иоанна». Удвоенное «с» в русской записи — следствие передачи армянского суффикса -ян через окончание -иян, которое встречается в фамилиях, образованных от имён на -и (Иоанн → Иоаннесиян). То есть перед нами не редкий вариант написания, а закономерная транслитерация: корень Иоаннес- + родовой патронимический суффикс.

Такая форма фамилии — армянская, но с греко-византийским именем в основе. В самой Армении имя Иоанн обычно звучит как Ованес, поэтому вариант Иоаннесиян мог закрепиться у тех носителей, которые жили в среде, где преобладала церковнославянская или русская традиция записи имён — например, у армянского духовенства или купечества, имевшего дело с русской администрацией. Встречается и написание Иоаннесян (с одним «с»), но двойное «с» точнее передаёт армянское произношение, где суффикс -ян после гласного звучит с небольшим удлинением.

Географически фамилия редкая. По данным открытых телефонных справочников, большинство носителей Иоаннесиян проживают в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически сложились крупные армянские общины. Встречается она и в Москве, но единично.

Социально фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие предков. Как и многие армянские фамилии на -ян, она возникла в среде, где родовое имя было важнее профессии. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителя этой фамилии были крещёными христианами (имя Иоанн — одно из самых распространённых в православном и армянском календарях) и, скорее всего, принадлежали к городскому или церковному кругу, где имя записывали в полной, а не в обиходной форме.

Из-за редкости фамилия не попала в основные ономастические словари русского языка, но её разбор по модели Унбегауна (он подробно разбирал армянские фамилии в русской передаче) не вызывает сомнений: это типичный патроним от канонического имени через армянский суффикс.