Фамилия Иоаннисиян — яркий пример армянской патронимической модели, которую в русском языке часто путают с греческой из-за финали -ян. На деле окончание -ян (или более архаичное -янц) — это армянский суффикс принадлежности, соответствующий русскому -ов/-ев или грузинскому -дзе. Он указывает на происхождение от предка, чьё имя легло в основу фамилии. В данном случае основа — Иоаннис, то есть армянская форма имени Иоанн (русский Иван). Иоаннисиян буквально означает «потомок Иоанниса», или, проще, «Иванов».

Ключевая особенность этой фамилии — сохранение двойной «нн» и полной формы имени Иоаннис, а не сокращённой (как, например, в фамилии Ованесян, от той же основы, но через народную форму Ованес). Иоаннисиян — это более книжный, церковный вариант. Такие формы часто закреплялись за семьями, имевшими отношение к духовенству или получившими фамилию в официальных документах, где имя записывали по греческому образцу (Иоаннис, через «и»). В быту же носители фамилии могли зваться просто Ованесами или Ваниками.

Географически фамилия Иоаннисиян типична для западных армян, исторически живших на территории Османской империи (современная Турция, Сирия, Ливан). После геноцида армян 1915 года многие носители фамилии оказались в диаспоре — в России, Франции, США, Армении. В самой Армении форма Иоаннисиян встречается реже, чем Ованесян, и воспринимается как «диаспоральная» или «западная».

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Иоанн- + суффикс -иси (вариация на стыке основы и патронимического показателя) + родовой суффикс -ян. Спорных версий здесь нет, потому что этимология очевидна. Социальный контекст: в отличие от многих армянских фамилий, образованных от ремёсел или прозвищ, Иоаннисиян — чисто «именная» фамилия, без дополнительной семантической нагрузки. Она не говорит о занятии предка, а только о его имени.

Среди известных носителей можно назвать разве что деятелей армянской диаспоры, но в широком русском культурном поле фамилия не на слуху. Это не делает её менее интересной: по ней легко восстановить историю миграции семьи и то, в какой среде — церковной или светской — закрепилось такое написание.