Фамилия Иоаннисян — типичный пример армянской фамилии, образованной по патронимической модели. В её основе лежит имя Иоаннис (армянская форма греческого имени Иоанн, которое в русской традиции соответствует Ивану). Суффикс -ян (в староармянском написании -янц) означает принадлежность к роду или потомку: Иоаннисян буквально переводится как «потомок Иоанниса». Это самая распространённая фамильная модель в Армении, и Иоаннисян здесь не исключение.

Интересно, что фамилия сохранила начальное «Ио» вместо привычного русского «Ива» или армянского «Ова». В самой Армении та же фамилия звучала бы как Ованнисян (от армянского Ованес). Разница в написании — результат исторического влияния греческой и русской письменности. В армянской диаспоре, особенно в среде, связанной с Российской империей, фамилии нередко фиксировали в той форме, которая была ближе к церковнославянскому или греческому произношению имени. Поэтому Иоаннисян — это скорее «книжный», литературный вариант, который мог закрепиться в документах при переписи или в духовных учебных заведениях.

Сословная принадлежность предков-носителей фамилии могла быть любой: от крестьян до священников. Имя Иоанн (Ованес) было одним из самых популярных в христианской Армении, поэтому фамилия не указывает на знатное происхождение. Однако если говорить о географии, то наибольшая концентрация Иоаннисянов исторически отмечалась в регионах, где было сильно влияние Армянской апостольской церкви и греческой образованности — например, в Западной Армении (историческая область Васпуракан) и среди армянских общин Крыма и Нахичевани-на-Дону.

В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода: Иоаннисян, Иоаннисяна, Иоаннисяну. Женский вариант остаётся неизменным. Встречаются искажённые формы вроде Иоаннисьян или Иоаннисянц — последняя ближе к исходному армянскому патрониму на -янц, который со временем упростился до -ян.