Фамилия Ионисян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян (вариант -янц). Этот суффикс, один из самых распространённых в армянской ономастике, восходит к древнему показателю родительного падежа множественного числа, то есть буквально означал «из рода таких-то» или «принадлежащий к дому такого-то». Таким образом, Ионисян — это «из рода Ионий» или «потомок Ионии».

Основа фамилии — Ионис — с большой вероятностью является армянской формой библейского имени Иона (в русской традиции — Иона). Имя Иона, означающее в переводе с древнееврейского «голубь», было широко распространено у христианских народов, в том числе у армян. В армянском языке оно могло приобрести форму Ио́на, а затем, через добавление уменьшительного или патронимического суффикса -ис, превратиться в Ионис. Такая модель (имя + -ис) встречается в армянских фамилиях, например, Арутюнян (от Арутюн), Ованесян (от Ованес), где основа — полное имя, а не усечённая форма.

Встречается и другая, менее вероятная версия. Ионис может быть вариантом греческого имени Ионис (Ιωνής), которое является формой от Иоанн (Иван). В этом случае фамилия Ионисян означала бы «потомок Иоанна» и могла возникнуть в среде армян, живших в греческом окружении (например, в Понте или в Крыму). Однако греческое влияние на армянскую фамилию — случай более редкий, чем прямое использование библейского имени Иона, поэтому первая версия выглядит предпочтительнее.

Фамилия Ионисян не относится к числу самых частых, но встречается в Армении, а также среди армянских диаспор в России, Грузии и странах Ближнего Востока. В русской среде фамилию могли записывать с окончанием -ян (стандартная передача армянского суффикса) или, реже, с -янц, что ближе к оригинальному произношению. Носители фамилии, вероятно, происходят из семей, где имя Иона или Ионис передавалось из поколения в поколение, что и закрепилось в родовом прозвании.