Фамилия Ионис — редкая в русском контексте и почти наверняка не восточнославянского происхождения. Её форма не укладывается в привычные для русских фамилий модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Основа «Ионис» — это, скорее всего, греческая или румынская (молдавская) фамилия, записанная кириллицей. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Ионицэ (Ioniță) или Ионидис, адаптированный на слух при переселении в Российскую империю.

Самая вероятная версия ведёт в греческую среду. Фамилия Ионидис (Ιωνίδης) образована от имени Ионас (Ιωνάς) — греческой формы библейского имени Иона. Суффикс -идис (-ίδης) в греческом языке — классический патронимический, указывающий на принадлежность к роду. Если носитель фамилии Ионис — потомок греческих переселенцев (например, из Причерноморья или с Кавказа), то исходная форма могла быть Ионидис, а при записи в российских документах потеряла окончание -дис, упростившись до Ионис. В пользу этой версии говорит и то, что греческие фамилии на -ис в русской передаче нередки (например, Пападакис, Ставридис).

Вторая версия — румынская. В Молдавии и Румынии распространена фамилия Ионицэ (Ioniță), образованная от имени Ион (румынский аналог Ивана) с уменьшительным суффиксом -ицэ. При переходе в русскую среду окончание могло измениться на -ис: Ионицэ → Ионис. Такая адаптация характерна для бессарабских фамилий, которые записывались «на слух» чиновниками в XIX веке.

Корень в обоих случаях один — имя Иона (Иван, Иоанн). Фамилия Ионис буквально означает «сын Ионы» или «маленький Ион». Носители фамилии могли быть потомками греческих торговцев, моряков или ремесленников, осевших на юге России, либо выходцами из Бессарабии. Географически фамилия встречается в основном на юге Украины, в Молдове и в греческих диаспорах. В центральной России она редка, что только подтверждает её иноязычное происхождение.