Фамилия Иоганес — редкий случай, когда в основе лежит не русская адаптация библейского имени, а его исходная, древнееврейская форма. В то время как подавляющее большинство носителей в России носят фамилии Иванов, Иванченко или Ванюшин, образованные от церковнославянского «Иоанн», Иоганес сохраняет транслитерацию имени Йоханан (יוֹחָנָן), означающего «Яхве (Бог) смилостивился» или «Бог помиловал». Фамилия эта не русская по словообразовательной модели: в ней отсутствуют типичные суффиксы -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами застывшая форма имени, ставшая фамилией у народов, которые не переделывали имя на славянский лад.

Наиболее вероятна немецкая или скандинавская природа фамилии. В немецком языке имя Johannes произносится как «Йоханнес», а вариант «Иоганес» — это русифицированная передача того же звучания. В Российской империи фамилия Иоганес могла появиться у обрусевших немцев, прибалтийских остзейских дворян или лютеранских пасторов, которых приглашали в Россию начиная с XVIII века. Также её могли принести еврейские семьи из черты оседлости — в идише и иврите имя «Йоханан» перешло в фамилию без добавления суффиксов, просто как родовое прозвание. В таком случае носители фамилии были, скорее, ремесленниками или торговцами, а не дворянами.

Спорных версий здесь немного. Некоторые любители этимологии пытаются связать Иоганес с тюркскими корнями, но это натяжка: в тюркских языках нет фонетического перехода «Иоган» в фамилию, и имя Йоханан в них не прижилось. Правдоподобнее всего версия о немецком или еврейском происхождении с последующей ассимиляцией в русской среде. Географически фамилия встречается в основном в западных регионах бывшей империи: в Прибалтике, Беларуси, на Волыни — там, где веками жили немецкие колонисты и еврейские общины.

Особенность фамилии — её графическая устойчивость. В отличие от Ивановых, которые меняли написание (Иванофф, Иваннов), Иоганес почти не варьируется: нет вариантов «Иоганесов» или «Иоганец», потому что суффикс не добавляли. Это делает фамилию маркером конкретной семейной истории: предки, видимо, не хотели или не успели «обрусить» свою фамилию, оставив её в исходном виде.