Фамилия Ионат — редкий пример, где за основу взято не имя, а церковный сан или монашеское звание. В основе лежит слово «игумен» — настоятель православного монастыря. В древнерусском произношении звук «г» в некоторых говорах выпадал или заменялся на «в»: «игумен» звучало как «иумен», а в диалектах с фрикативным «г» — как «ионат» (ср. украинское «ігумен»). Так возникла форма, которая и закрепилась в фамилии.

Суффикс «-ат» в русских фамилиях встречается редко. Обычно он указывает на принадлежность к чему-то или на носителя признака (как «бородат» — тот, у кого борода). В случае с Ионат суффикс, скорее всего, добавился по аналогии с другими прозвищами: «игумен» → «ионат» — «тот, кто служит игуменом» или «похожий на игумена». По другой версии, фамилия могла возникнуть от имени Иона (библейский пророк) с тем же суффиксом, но эта гипотеза слабее: имя Иона в народной среде давало формы Ионин, Ионов, а не Ионат.

Географически фамилия привязана к западнорусским и украинским землям, где фрикативный «г» был нормой. Встречается в основном среди потомков крестьян и мещан из Подолья, Волыни, Галиции. Первые фиксации в ревизских сказках XIX века показывают, что носители фамилии жили в сёлах и местечках, где монастыри были центрами грамотности и хозяйства. Вероятно, предок либо работал при монастыре, либо получил прозвище за строгость или внешнее сходство с настоятелем.

Словообразовательная модель проста: основа «ионат-» (от диалектного «ионат» = игумен) + нулевое окончание. Фамилия не склоняется как мужская, так и женская. Родственные фамилии — Игумнов, Игуменов, Игумнищев — встречаются чаще, но Ионат сохранила более архаичную фонетику, уцелевшую в локальных говорах.