Фамилия Иордаки образована от имени Иордан — канонического мужского имени, которое давали при крещении. Само имя восходит к названию реки Иордан, протекающей в Палестине. В переводе с еврейского «Иордан» означает «спускающийся» — это указывает на быстрое течение реки, которая берёт начало на Голанских высотах, проходит через озёра Хула и Тивериадское (Кинерет) и впадает в Мёртвое море. По Иордану проходит граница между Израилем и Иорданией.

В русской ономастике фамилии на -и, вроде Иордаки, встречаются нечасто. Обычно такой суффикс указывает на греческое или молдавское происхождение. В Греции и Молдавии форма Иордаки — это не фамилия, а уменьшительное от имени Иордан (как Ивани — от Иван). В России же эта форма закрепилась как фамилия, чаще всего у выходцев из южных регионов или у потомков греческих переселенцев.

Версия, что предок жил на берегу реки Иордан, маловероятна: в Палестине у русских фамилий на -аки не было. Гораздо правдоподобнее, что фамилию дали по имени, которое носил основатель рода. Имя Иордан в православной традиции было распространено среди духовенства и купечества, особенно на юге Российской империи.