Фамилия Исабекян — яркий пример армянской модели образования фамилий, и её разговор стоит начать именно с суффикса. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, армянские фамилии часто оканчиваются на -ян (или -янц), что означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». Суффикс -ян восходит к древнему -янц, указывавшему на происхождение от предка. Исабекян, таким образом, — это «потомок Исабека».

Основа фамилии — Исабек — составное имя, типичное для тюрко-армянской языковой среды. Первая часть, «Иса», — это арабская форма имени Иисус (Иса ибн Марйам в исламе), широко распространённая среди народов, испытавших влияние ислама и христианства. Вторая часть, «бек», — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «вождь». В армянской среде, особенно в регионах, где веками соседствовали армяне и тюркские народы (Восточная Армения, Закавказье), имена с компонентом «бек» были обычным делом. Они не обязательно указывали на реальный аристократический статус — скорее, это было пожелание или прозвище, подчёркивавшее уважение, властность или богатство.

Таким образом, имя Исабек можно перевести как «господин Иса» или «князь Иса». Вероятнее всего, первый носитель этого имени был человеком, которого окружающие называли так либо из-за его религиозного рвения (Иса — пророк и в христианстве, и в исламе), либо в качестве почтительного прозвища. Фамилия Исабекян говорит о том, что его дети и внуки стали осознавать себя как отдельный род — род Исабековых.

Географически фамилия Исабекян наиболее характерна для армян, чьи корни уходят в регионы исторической Западной Армении (территория современной восточной Турции) и Восточной Армении (территория современной Армении и Нагорного Карабаха). Встречается она и среди армянской диаспоры, особенно в России, США и странах Ближнего Востока. В отличие от многих русских фамилий, Исабекян не несёт информации о сословии или профессии — он чисто патронимический, указывающий на имя предка. Сравните с однокоренной фамилией Исаев: у неё арабская основа (Иса), но русский суффикс -ев, что выдаёт совершенно иной процесс адаптации. Исабекян остался в рамках армянской ономастической традиции, сохранив и тюркский компонент, и армянский родовой суффикс.