Фамилия Исабековы (в мужском роде — Исабеков) образована от личного имени Исабек, которое соединяет два мусульманских имени. Первая часть — Иса, арабское имя пророка Исы (Иисуса в исламской традиции), что означает «милость Божья». Вторая часть — Бек, тюркский титул «господин», «князь». Вместе имя Исабек можно перевести как «милостивый господин».

Но есть и вторая, не менее правдоподобная версия. Исабек мог быть диалектным вариантом тюркского имени Исанбек. Исан означает «живой, здоровый», и целиком имя переводится как «живой, здоровый бек». Родители, нарекая сына Исанбеком, желали ему долгой и благополучной жизни. Со временем звук «н» мог выпасть в бытовой речи, и имя закрепилось в форме Исабек. Обе версии рабочие, и выбрать одну без знания конкретной родословной сложно.

Суффикс -ов указывает на русский способ оформления фамилии: «чей?» — Исабеков, то есть сын или потомок Исабека. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде тюркоязычных народов, которые вошли в состав Российской империи и получили русские фамильные окончания.

Фамилия Исабековы — самобытный памятник восточной культуры, но точное время и место её возникновения можно установить только через серьёзные генеалогические изыскания. Процесс формирования фамилий был долгим и не всегда привязан к одной местности, поэтому утверждать что-то наверняка без архивных данных нельзя.