Фамилия Исабекова происходит от мужского личного имени Исабек. Это имя составное, его сложили из двух самостоятельных мусульманских имен. Первая часть — Иса, арабская форма имени библейского пророка Исы (Иисуса), которое в мусульманской традиции осмысляется как «милость Божья». Вторая часть — Бек, тюркский титул, означающий «господин», «князь», «повелитель». Вместе имя Исабек можно перевести как «милостивый господин».

Есть и другая версия происхождения. Исабек мог быть диалектным вариантом тюркского имени Исанбек. В этом случае первая часть имени восходит к слову «исан» — «живой», «здоровый». Тогда имя Исанбек означает «живой, здоровый бек». Родители, давая такое имя, желали сыну долгой и благополучной жизни.

Фамилия образована по стандартной для русского языка модели: к основе Исабек прибавили суффикс принадлежности -ов (в женском роде — -а). Такой способ словообразования был распространен в среде крещеных татар, башкир и других тюркских народов, где фамилии на -ов фиксировали имя отца. В данном случае потомок человека по имени Исабек получал фамилию Исабеков.

Словообразовательная модель здесь простая, но сама основа фамилии указывает на регион бытования — скорее всего, это Кавказ, Поволжье или Средняя Азия, где были распространены тюркские имена с компонентом «бек». Фамилия Исабекова сохранила не только имя предка, но и социальный контекст: компонент «бек» в имени говорит о знатном происхождении основателя рода или о надежде родителей на высокое положение сына.