Фамилия Исакунов — редкий пример отчества, образованного не от полного, а от краткого варианта имени. В её основе лежит имя Исак, а точнее, его разговорная форма Исакун. Суффикс -ун в русских именах и прозвищах выполнял роль уменьшительности или, реже, принадлежности: так, от имени Исак возникало Исакун — «маленький Исак» или «сын Исака». Затем модель с суффиксом -ов (чей? — Исакунов) закрепила фамилию за потомками этого человека.

Само имя Исак — это русская народная форма библейского Исаак (от древнееврейского «засмеётся»). В старину имя было распространено в крестьянской и купеческой среде, особенно среди старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные варианты имён. Поэтому Исакуновы — это, скорее всего, потомки человека, которого в быту звали Исакун, а официально — Исак.

Географически фамилия встречается в основном на севере и северо-востоке европейской России: в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках. В центральных регионах она редка. Интересно, что фамилия не имеет варианта Исакунин — это говорит о том, что суффикс -ун здесь не образовывал притяжательное прилагательное от женского имени, а был частью мужского прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Исаков, Исаев, Исанин) показывает, что Исакунов — самая редкая и локальная из них. Если Исаковы встречаются повсеместно, то Исакуновы — это след бытования именно уменьшительной формы имени, которая со временем вышла из употребления. В документах XVIII–XIX веков можно найти упоминания крестьян и мещан с такой фамилией в Олонецкой и Вятской губерниях — именно там, где имя Исак и его производные держались дольше всего.

Таким образом, фамилия Исакунов — не просто отчество, а редкий лингвистический артефакт, сохранивший живую народную форму имени, которая почти исчезла из современного русского именослова.